万方查重和知网查重是两种常用的文献查重工具，虽然都是用于查找文档中的重复内容，但在具体功能和使用体验上存在一定差异。万方查重主要以文献查重为主，可以检测文本的相似度和重复率，适用于学术论文、期刊等领域。而知网查重则更注重对网络文本的查重，对网页内容的查重效果更为突出，适合对网络文章、博客等进行查重。因此，用户在选择查重工具时，可以根据具体需求和使用场景来进行选择。

在实际使用中，万方查重和知网查重在查重算法、速度和准确度上也有所不同。万方查重采用的算法更加注重学术领域的要求，对于学术论文的查重效果较好；而知网查重则更适用于网页内容的查重，能够更好地适应网络文本的特点。用户在选择查重工具时，可以根据自己的需求和使用习惯来进行选择，以获得更好的查重效果。