对于毕业论文的查重，全网查重和知网查重都有各自的优势。全网查重可以覆盖更广泛的资源，检测范围更广，可以有效避免抄袭。但是全网查重可能存在一些误差，因为信息量大，可能会漏报或误报。而知网查重则是基于知网数据库进行查重，相对更加准确，但覆盖范围相对较窄。因此，选择查重方式要根据具体情况综合考虑，可以综合使用两种方式，以提高查重的准确性。

在选择毕业论文查重方式时，可以根据具体需求来决定。如果希望更全面地检测论文的原创性和抄袭情况，可以选择全网查重，确保没有遗漏。如果更注重查重结果的准确性和可信度，可以优先考虑知网查重。此外，还可以结合两种方式，先进行全网查重，再通过知网查重进行二次确认，以确保毕业论文的质量和可靠性。综上所述，毕业论文是全网查重还是知网查重，选择合适的查重方式至关重要。